Кафедра гигиены в Санкт-Петербургском женском медицинском институте создана в 1901 году. Первым ее заведующим был Павел Людвигович Мальчевский. Выпускник Медико-хирургической академии, ученик А.П. Бородина и А.П. Доброславина, все свои знания и талант он вложил в разработку первых программ, учебных планов и оснащение кафедры.

Огромный вклад в развитие учебной и научной работы на кафедре, становление гигиены в России внес профессор Г.В. Хлопин, который возглавил кафедру в 1904 году. Работая в ЖМИ, он стал крупнейшим гигиенистом России и руководил кафедрой вплоть до своей смерти (в 1929 году). Пожалуй, нет ни одного направления в гигиене, в котором он не проявил бы свой незаурядный талант.

Придавая большое значение выбору адекватных гигиенических методов и точному эксперименту, он разработал многочисленные методы по изучению загрязнения воздуха и воды которые вошли не только в русские, но и во многие иностранные руководства. Фундаментальные пособия по различным гигиеническим вопросам, написанные Григорием Витальевичем, в том числе “Основы гигиены”, “Курс общей гигиены”, “Методика санитарных исследований”, “Военно-санитарные основы противогазового дела”, были настольной книгой нескольких поколений гигиенистов. За годы его работы были подготовлены десятки гигиенистов, многие из которых стали руководителями гигиенических кафедр – это К.Э. Добровольский, Л.М. Горовиц-Власова, В.П. Кашкадамов, Н.П. Ласточкин, В.В. Кизеветтер, П.И. Васильева, А.И. Шиншарева.

После кончины Г.В. Хлопина кафедру возглавил его ученик – профессор В.А. Углов. С 1930 по 1942 год он руководил коллективом. В то время большое внимание уделялось экспериментальным исследованиям, изучению санитарного состояния населенных мест, здоровья населения. Профессор В.А. Углов написал ряд интересных, новых для своего времени работ: “Борьба с пылью, дымом и газами в населенных пунктах”, “Теория и практика хлорирования воды”, “Санитарное изучение источников водоснабжения на месте и их характеристика”. Под его руководством были защищены диссертации будущих профессоров А.Н. Адамовой, И.Е. Рамма, академика РАМН А.А. Минха, директора института радиационной гигиены М.А. Невструевой.

Практически все трудные дни блокады Ленинграда кафедра продолжала работу. Особенно тяжелые времена пришлись на период января-марта 1942 года, когда от голода погибли трое сотрудников: Лойбман, Кудрявцева и Иванова. Несмотря на это, в январе-феврале 1942 года удалось провести экзаменационную сессию. Только в феврале 1943 года появилась возможность вновь начать учебную работу в полном объеме. В это время обязанности заведующего кафедрой исполнял Н.З. Дмитриев, пришедший с кафедры коммунальной гигиены 2-го ЛМИ.

После войны в 1945 году профессор И.Е. Рамм был  избран заведующим кафедрой. С его приходом начались работы по изучению влияния воздуха больничных помещений на здоровье больных и персонала. Был налажен учебный процесс, начались работы по проблемам охраны атмосферного воздуха г. Ленинграда и воздуха подземных выработок Сланцевого бассейна.

В 1958 году, после смерти профессора И.Е. Рамма, исполняющим обязанности заведующего кафедрой являлся Ю.А. Кротов, который был избран заведующим в 1961 году. Под его руководством были созданы одорометрическая и токсикологическая лаборатории для проведения исследований по регламентированию атмосферных загрязнений. Усовершенствован учебный процесс, проведена перепланировка помещений кафедры. Оформилось основное научное направление кафедры – охрана атмосферного воздуха населенных мест.

В 1993 году кафедру возглавил А.О. Карелин. Наряду с традиционным направлением – гигиенической регламентацией атмосферных загрязнений на кафедре проводятся исследования по изучению действия комплекса факторов окружающей среды на здоровье населения, влияние различных факторов риска на развитие и распространенность заболеваний. Внедряются современные методы эпидемиологического анализа и математического моделирования.

С самого начала своего существования кафедра гигиены находилась в тех же помещениях, которые она занимает в настоящее время, однако площадь их составляла лишь третью часть. После избрания заведующим Г.В. Хлопина увеличилась площадь кафедры, появились четыре хорошо оборудованные учебные комнаты. В 1960 году была проведена перепланировка помещений, а в 2001 году ремонт кафедры, придавший ей современный вид.

В начале 90-х годов в связи с бурным развитием экологии кафедра усилила преподавание экологических вопросов медицины, что нашло отражение в ее названии. Постоянно совершенствуя научную работу и педагогический процесс, коллектив кафедры прилагает все усилия для того, чтобы дать будущим врачам необходимый объем знаний по гигиене и экологии, без которых невозможна плодотворная работа врача любого профиля.