9 февраля 2016 г. в Совете Федерации Федерального Собрания Российской Федерации проводились парламентские слушания на тему «Место и роль отраслевых учреждений высшего профессионального образования в современной системе образования России». В слушаниях принял участие ректор ПСПбГМУ им. акад. И.П. Павлова Сергей Федорович Багненко. В ходе острой дискуссии были подняты вопросы о состоянии высшего профессионального образования в ведомственных образовательных учреждений высшего образования и о перспективе его развития. Заместитель министра образования и науки Российской Федерации Александр Алексеевич Климов в своем выступлении остановился на проблемах отраслевого образования: порой низкое качество абитуриентов, не всегда правильное понимание образовательных программ, нецелесообразность отраслевого образование по непрофильным специальностям. Также А.А. Климов подчеркнул правильный, на его взгляд, подход Министерства здравоохранения Российской Федерации к увеличению удельного веса в структуре подготовки специалистов студентов, поступающих по целевым направлениям.
С.Ф. Багненко в своем выступлении отразил особенности высшего образования в ведомственных вузах Минздрава России. «… На наш взгляд, должна быть встречная программа по созданию бытовых условий в местах будущих мест работы за счет региональных программ и внебюджетных источников. Действительно, нецелесообразно готовить неконвертируемых специалистов по неправильным для медицины дисциплинам (…) Мы не готовим специалистов в области железнодорожного транспорта и благодарны железнодорожникам за то, что они не готовят врачей». Выступление академика С.Ф. Багненко было встречено многочисленными аплодисментами.
По итогам парламентских слушаний были приняты следующие решения: проработать вопрос о сохранении ведомственного образования и подготовить законодательную инициативу о ведомственном образовании.
