С. Ф. Багненко является воспитанником Военно-медицинской академии им. С.М. Кирова, которую с отличием и золотой медалью окончил в 1980 году. По завершении обучения находился на надводных кораблях ВМФ в должности врача-хирурга, в 1983–1985 годах проходил клиническую ординатуру на кафедре военно-морской и госпитальной хирургии академии. Затем в течение двух лет Сергей Федорович служил в составе ограниченного контингента советских войск в Республике Афганистан. В 1987 году он поступил в адъюнктуру при кафедре военно-морской и госпитальной хирургии ВМА им. С.М. Кирова, после ее окончания был назначен на должность преподавателя. В 1990 году защитил кандидатскую, в 1998 году – докторскую диссертацию «Диагностика и хирургическое лечение хронического билиарного панкреатита». В 1998 году, после увольнения из Вооруженных Сил, был назначен на должность директора Санкт-Петербургского научно-исследовательского института скорой помощи им. И.И. Джанелидзе, которым руководил 14 лет. В 2000 году он был избран заведующим созданной по его инициативе кафедрой хирургии повреждений СПб МАПО (сегодня – СЗГМУ им. И.И. Мечникова), с 2010 года являлся заведующим кафедрой факультетской хирургии СПбГУ.
С 2012 года академик С.Ф. Багненко возглавляет Первый СПбГМУ им. акад. И.П. Павлова. За период его руководства в Университете созданы несколько кафедр, ряд научных институтов, активно развивается материально-техническая база.
Многогранная сфера научных интересов Сергея Федоровича включает наиболее сложные и актуальные проблемы организации оказания скорой медицинской помощи, хирургии повреждений и заболеваний поджелудочной железы, сочетанной травмы, трансплантологии. Результаты его научной деятельности и лечебной работы опубликованы более чем в 500 научных работах, среди которых – 14 монографий, руководств и учебников. Он является соавтором 10 патентов на изобретения и одного научного открытия. Прекрасный педагог, С.Ф. Багненко успешно формирует научную школу специалистов по хирургии повреждений и заболеваний поджелудочной железы. Под его руководством защищены восемь докторских и 12 кандидатских диссертаций.
В 2005 году профессор С.Ф. Багненко был избран членом-корреспондентом РАМН, в 2011 году –академиком РАМН (по специальности «Хирургия»), в 2013 году утвержден академиком РАН (отделение медицинских наук). С 2006 по 2012 год он являлся членом экспертного совета ВАК по хирургическим специальностям. Сергей Федорович – главный внештатный специалист по скорой медицинской помощи Министерства здравоохранения Российской Федерации, главный хирург Министерства здравоохранения Российской Федерации по Северо-Западному федеральному округу с 2003 года, председатель проблемной комиссии «Сочетанная травма» Научного совета РАН по проблемам скорой помощи, член проблемной комиссии РАМН «Экстремальные и терминальные состояния». С 1998 года возглавляет Городской координационный совет по скорой помощи и является членом Совета по трансплантологии. При его непосредственном участии разработана и внедрена Подпрограмма развития скорой и экстренной медицинской помощи в Российской Федерации до 2020 года.
Академик С. Ф. Багненко активно занимается общественной работой, неоднократно избирался членом правления Хирургического общества Пирогова, в 2005–2007 годы был его председателем. В 2003–2004 годы руководил Ассоциацией медицинских организаций Санкт-Петербурга. В настоящее время является вице-президентом общероссийской общественной организации «Российское медицинское общество» и Президентом ОБОО «Скорой медицинской помощи». Заместитель главного редактора журнала «Скорая медицинская помощь», также входит в состав редакционных коллегий журналов «Вестник хирургии им. И.И. Грекова» и «Анналы хирургической гепатологии».
Во время выборной кампании Президента России 2012 года являлся руководителем предвыборного штаба В.В. Путина по Санкт-Петербургу от Общероссийского народного фронта.
Сергей Федорович награжден орденом «За службу Родине в Вооруженных силах» III степени, медалью ордена за «Заслуги перед Отечеством» II степени, медалью «В память 300-летия Санкт-Петербурга», знаками «Отличник здравоохранения» и «Милосердие», медалями «За заслуги перед отечественным здравоохранением» и «За содружество во имя спасения». Он является лауреатом премий Правительства Российской Федерации в области образования (2013) и двух премий Правительства Российской Федерации в области науки и техники (2010, 2015).
Коллектив Университета сердечно поздравляет Сергея Федоровича со знаменательной датой, желает ему доброго здоровья, новых творческих проектов и сил для их реализации!